为核心时代重塑核心基因组学软件工具

概述了与英特尔工程师多年合作以改进Bowtie和Bowtie 2（以及另一个称为HISAT的相关工具）以有效利用现代Intel CPU上的所有处理器核心的结果。包括在英特尔®Xeon®和英特尔®XeonφΦPhi™处理器上运行我们改进的代码的结果。演讲者描述了对代码进行的一系列改进，包括集成IntelThreading Building Blocks库，使用更适合NUMA系统的互斥实现，以及完全了解NUMA的新颖的“队列锁”互斥实现。所有这些都导致了在测试系统上的线程缩放的改进。还描述了一系列结果，说明如何优化代码中的关键关键部分导致进一步的改进。这些结果得益于英特尔工具（如IntelInspector和IntelVTune}Ampli.）的战略使用，为其他基因组学软件工具提供了指南，供寻求类似地调整其软件以更好地利用现代多核系统的作者参考。